Claude je v podatkih o DNK našel doslej neopisan encimski sistem
Claude je med pregledovanjem DNK prepoznal sistem ART s ponovitvami, podobnimi CRISPR. Raziskovalci so ga preučili v laboratoriju, njegova funkcija pa ostaja neznana.
Anthropic je 23. septembra predstavil rezultate raziskave, v kateri so agenti Claude med pregledovanjem zaporedij DNK prepoznali nenavaden biološki sistem. Raziskovalci so ga nato preučili v laboratoriju in poimenovali ART. Nekatere njegove značilnosti spominjajo na CRISPR, vendar njegove funkcije še ne poznajo.[1]
Vir: Anthropic.
Objava spremlja predstavitev nove raziskovalne skupine in laboratorija za biologijo pri Anthropicu. Skupina raziskuje, kako uporabiti AI za iskanje slabo raziskanih beljakovin, oblikovanje hipotez in izbiro kandidatov za laboratorijske poskuse.[1]
Kaj je Claude našel?
Raziskovalci so Claudu naročili, naj v veliki zbirki zaporedij DNK poišče zanimive primere reverznih transkriptaz. To so encimi, ki prepisujejo RNK v DNK.[1]
Pri eni od družin teh encimov je agent opazil nenavadno okolico gena: dolg niz enakomerno razporejenih ponovitev DNK. Preštel je ponovitve, preveril razdalje med njimi in jih primerjal z znanimi sistemi. V znanstveni literaturi je iskal tudi morebitne prejšnje opise tega vzorca. Nato je pripravil poročilo za raziskovalce.[1]
Sam encim je bil znan iz prejšnjih raziskav. Po navedbah Anthropica pa je Claude prvi povezal njegove značilnosti s sosednjimi ponovitvami DNK in dodatno beljakovino neznane funkcije. Skupaj sestavljajo sistem, ki so ga poimenovali ART in ga našli predvsem pri bakteriofagih, virusih, ki okužujejo bakterije.[1]
Vir: Anthropic.
Zakaj omenjajo CRISPR?
CRISPR je znan kot osnova orodij za urejanje genov. Njegova zgradba vključuje ponavljajoča se zaporedja DNK, ki so bila tudi pri njem sprva opažena kot nenavaden vzorec. Razporeditev ponovitev v sistemu ART je podobna.[1]
Prvi laboratorijski poskusi so pokazali, da iz ponavljajočega se dela ART nastajajo različne kratke molekule RNK. Raziskovalce zanima, ali bi lahko imele vlogo pri usmerjanju delovanja sistema, podobno kot pri nekaterih drugih bioloških orodjih.[1]
Za zdaj iz tega ne moremo sklepati, da je ART novo orodje za urejanje genov. Ekipa še ugotavlja, kako deluje in kakšna je njegova naravna naloga. Morebitna uporabnost v biotehnologiji bo odvisna od nadaljnjih poskusov.[1]
21 ur iskanja, približno 950 agentov
Po podatkih Anthropica je računalniško iskanje trajalo 21 ur in vključevalo približno 950 agentov, torej več ločenih izvajanj Clauda. Zbrali so več kot 200.000 reverznih transkriptaz, izbrali 3.500 novih kandidatnih sistemov in izbor zožili na 20 najbolj obetavnih, za katere so pripravili poročila.[1]
Za to so porabili približno 210 milijonov tokenov, enot besedila, ki jih obdeluje model. Šlo je torej za obsežno računalniško raziskavo. Navedenih 21 ur se nanaša na iskanje po podatkih, ne na celotno raziskavo z laboratorijskimi poskusi.[1]
Ljudje so določili začetno raziskovalno nalogo, pregledali rezultate in opravili laboratorijsko delo. Anthropic navaja, da vse poskuse v njihovem laboratoriju izvajajo znanstveniki.[1]
Kaj je že potrjeno in kaj še čaka?
Anthropic je objavil prednatis raziskave in prve eksperimentalne ugotovitve. Po pregledu prednatisa je Feng Zhang, eden od pionirjev uporabe CRISPR za urejanje genov, povezavo med reverznimi transkriptazami in ponavljajočimi se zaporedji RNK označil za zanimivo ter vredno nadaljnjih raziskav.[1]
Opis dela za zdaj temelji na poročilu ekipe, ki razvija tudi Claude. Nadaljnji poskusi bodo morali razjasniti funkcijo ART. Iz same objave tudi še ni mogoče oceniti, koliko časa in stroškov bi enaka raziskava zahtevala brez uporabe AI.